Le mot « vaccin » apparaît au tout début du XIXe siècle : il désigne alors spécifiquement l’injection du virus responsable de la maladie appelée « vaccine » à un patient, en vue de l’immuniser contre la variole. L’expression comme la pratique sont dues au médecin anglais Edward Jenner, qui a conduit ces expérimentations à la fin du XVIIIe siècle dans le milieu des travailleurs laitiers.
La vaccine est en effet une maladie qui touche les bovins et dont le virus est proche de celui de la variole humaine. Elle est d’ailleurs également appelée « petite vérole des vaches ». Son nom provient de l’expression latine (moderne) variola vaccīna, c’est-à-dire la « variole de la vache ».
Sur le même modèle que le féminin « vaccine » issu de vaccina, on a donc formé un masculin « vaccin », sur le latin vaccīnus « de vache », pour nommer la substance immunisante tirée du virus en question. À partir du milieu du XIXe siècle, puis dans les années 1880 sous l’influence de Pasteur, le terme « vaccin » a fini par désigner toutes les substances destinées à produire une telle réaction immunitaire.
En latin, vaccīnus « de vache » est attesté dès l’époque classique : c’est un dérivé du terme commun vacca « vache », concurrent de bōs, bovis « bovin », qui peut être féminin ou masculin. L’étymologie de vacca est cependant délicate : le mot ne semble pas avoir de correspondants dans les autres langues indo-européennes, et doit donc être une création propre au latin. Il peut provenir d’une forme *wā-kā « la mugissante », sur une racine *wā- « mugir, crier ». Cette racine serait aussi celle du verbe vāgīre « crier, vagir ». De là à vagir devant un vaccin…
